Les archives des différentes administrations de l’État, et au premier chef de la préfecture, sont réparties dans les séries selon leur thématique.
L’incendie des Archives départementales en 1908 a fait disparaître de nombreux dossiers émanant des services préfectoraux du XIXe siècle ; fort heureusement, les archives d’autres entités (sous-préfectures, Ponts-et-Chaussées, tribunaux, administration fiscale, etc.) ont été épargnées et permettent – mais pas toujours – de combler certaines pertes.
Série Y - Établissements pénitentiaires
- Prisons de Bayonne, Oloron, Orthez, Pau, Saint-Palais.
Les fonds des prisons de Bayonne et Saint-Palais ont été transférés à Bayonne. Ceux d’Oloron, Orthez et Pau sont à Pau.